Komisie sú odbornými orgánmi založenými TFZ k operatívnemu riadeniu jednotlivých oblasti jeho činnosti a sú oprávnené rozhodovať vo veciach im zverených stanovami, organizačným poriadkom TFZ a inými predpismi TFZ.
Elektronická komunikácia je spravidla s komisiami vykonávaná prostredníctvom Informačného systému slovenského futbalu (ISSF) alebo prostredníctvom e-mailu na sekretariát, ktorý po zaevidovaní odstúpi e-mail určenej odbornej komisii.
Odborné komisie TFZ:
Športovo-technická komisia (ŠTK)
Predseda: Mgr. Daniel Borcovan, tel.č.: +421 (0)948 605 960
Členovia: Ján Rusnák, Ján Šarlina, Tomáš Burger
Komisia rozhodcov (KR)
Predseda: Ing. Peter Šmid, tel.č.: +421 (0)908 969 470
Členovia: Tibor Vojtek, Juraj Diabelko, Miroslav Škvarek, Vladimír Pavlák, Rastislav Koša,
Trénersko-metodická komisia (TMK)
Predseda: Pavol Šuhaj (dočasne poverený vedením), tel.č.: +421 (0)905 975 032
Členovia: Marián Turčina, Stanislav Ruman, Michal Pyšný
Ekonomická komisia (EK)
Predseda: Jozef Bučko, tel.č.: +421 (0)904 301 214
Členovia: Miroslav Bernát
Disciplinárna komisia (DK)
Predseda: Pavol Baják, tel.č.: +421 (0)911 229 873
Členovia: Pavol Ševec, Mgr. Viliam Lanko, Miloš Hnilica, Vladimír Hričina
Odvolacia komisia (OK)
Predseda: Ing. Boris Burger, tel.č.: +421 (0)903 453 170
Členovia: Igor Putra, Ing. Miroslav Skalák, Jozef Kutnik, Michal Pyšný
Revízna komisia (RK)
Predseda: Pavol Fabian, tel.č.: +421 (0)905 850 957
Členovia: Ján Štrbák, Ivan Tilesch