Komisie sú odbornými orgánmi založenými TFZ k operatívnemu riadeniu jednotlivých oblasti jeho činnosti a sú oprávnené rozhodovať vo veciach im zverených stanovami, organizačným poriadkom TFZ a inými predpismi TFZ.
Elektronická komunikácia je spravidla s komisiami vykonávaná prostredníctvom Informačného systému slovenského futbalu (ISSF) alebo prostredníctvom e-mailu na sekretariát, ktorý po zaevidovaní odstúpi e-mail určenej odbornej komisii.
Odborné komisie TFZ:
Športovo-technická komisia (ŠTK)
Predseda: Mgr. Daniel Borcovan, tel.č.: +421 (0)948 605 960
Členovia: Ján Rusnák, Jozef Feja, Ján Šarlina,
Komisia mládeže (KM)
Predseda: Peter Moric, tel.č.: +421 (0)911 851 583
Členovia: Peter Maruška, Peter Kmeť, Jaroslav Murček
Komisia rozhodcov (KR)
Predseda: Ing. Peter Šmid, tel.č.: +421 (0)908 969 470
Členovia: Tibor Vojtek, Ing. Milan Holotík, Miroslav Škvarek, Vladimír Pavlák, Rastislav Koša,
Trénersko-metodická komisia (TMK)
Predseda: Stanislav Petrík, tel.č.: +421 (0)911 139 320
Členovia: Marián Turčina, Rudolf Novák, Milan Bielik, Peter Jesenský
Hospodárska komisia (HK)
Predseda: Jozef Bučko, tel.č.: +421 (0)914 345 247
Členovia: Miroslav Bernát
Disciplinárna komisia (DK)
Predseda: Pavol Baják, tel.č.: +421 (0)911 229 873
Členovia: Pavol Ševec, Mgr. Viliam Lanko, Miloš Hnilica, Mgr. Slavomíra Hajdová
Odvolacia komisia (OK)
Predseda: Mgr. Igor Hus, tel.č.: +421 (0)908 243 795
Členovia: Igor Putra, Ing. Miroslav Skalák, Ing. Boris Burger, Jozef Kutnik
Revízna komisia (RK)
Predseda: Pavol Fabian, tel.č.: +421 (0)905 850 957
Členovia: Ján Štrbák, Ivan Tilesch